Я бы интегрировал Jkdefrag (http://kessels.biz/JkDefrag/) в настройку) и запустил его с параметрами командной строки, чтобы дефрагментировать только каталог, куда вы скопировали файлы.
Есть много вариантов, и это с открытым исходным кодом.
Примечание:
Он использует API-интерфейс дефрагментации MS, поэтому его можно использовать так же безопасно, как и любой другой инструмент дефрагментации. И у вас есть источник, если вам нужно что-то адаптировать или изменить способ сортировки файлов.