Вы можете попробовать это:
console.log('A (1), B (2), C (1), D (3)'.replace(/[^A-Z]/g, ''));
Вы можете попробовать его на regexr
Обновление:
console.log('A (1), B (2), C (1), D (3)'.replace(/[^A-Z]/g, '').replace(/([A-Z])/g, '$1\n'));
На основании комментария @ AvinashRaj
console.log('A (1), B (2), C (1), D (3)'.replace(/[^A-Z]+/g, '\n'));