Я получил ответ от разработчиков YouTrack, он двоякий:
1) Во-первых, конечная точка для запроса, касающегося пользователей, отличается - это функция «концентратора», поэтому конечная точка должна быть /hub/api/rest/users
(как уже упоминалось выше в @ Jk1).
2) Во-вторых, правильный синтаксис для запроса: lastAccess(after:+2018-01-01)
(+
вместо %20
).