вы можете сделать это в одном выражении
просто не добавляйте имя таблицы перед именем столбца, как показано ниже
замените
ALTER TABLE invoice_partitioned DROP PRIMARY KEY, ADD PRIMARY KEY(invoice_partitioned.id, invoice_partitioned.department_code);
на это
ALTER TABLE invoice_partitioned DROP PRIMARY KEY, ADD PRIMARY KEY (id, department_code);