Tomcat делает именно то, что вы говорите: <Host ... unpackWars="true">
означает, что war-файлы будут распакованы, и каталог webapps Tomcat не должен быть испорчен.
Более того: это действительно плохая практика иметь каталог загрузки прямо в каталоге веб-приложений tomcat, поскольку вы открываете себя для уязвимостей удаленного выполнения кода. Предположим, кто-то загрузил файл JSP, а затем запросил его: он будет скомпилирован на стороне сервера и выполнен с теми же разрешениями, что и Tomcat. Не очень хороший результат.
Возможно, вы связываете этот каталог, чтобы отделить приложение от загруженных файлов, для целей резервного копирования. Нет необходимости сопоставлять какой-либо каталог с каталогом веб-приложений. Просто предоставьте DownloadServlet, который обслуживает файлы из предварительно настроенных местоположений, и все готово.