Проверка R-CMD из действий Github завершается неудачно, поскольку отсутствует xml2 - PullRequest
Новая
       21

Проверка R-CMD из действий Github завершается неудачно, поскольку отсутствует xml2

0 голосов
/ 15 апреля 2020

Я разрабатываю пакет, который зависит от XML2. Недавно я интегрировал действия GitHub в свой рабочий процесс. В частности, я интегрировал действие «R-CMD-проверка». Он хорошо работает для windows-последний (3.6), macOS-latest (3.6), ubuntu-16.04 (3.6), но не работает для macOS-latest (devel). Я получаю эти ошибки и предупреждения:

  • ОШИБКА: зависимость 'xml2' недоступна для пакета 'mypackage'

  • Конфигурация не удалась, поскольку lib xml -2,0 не найдено

  • Предупреждение: невозможно получить доступ к индексу для хранилища https://cloud.r-project.org/bin/macosx/contrib/4.1

Это мой файл конфигурации (YAML), сборка по usethis::github_actions()

on:
  push:
    branches:
      - master
  pull_request:
    branches:
      - master

name: R-CMD-check

jobs:
  R-CMD-check:
    runs-on: ${{ matrix.config.os }}

    name: ${{ matrix.config.os }} (${{ matrix.config.r }})

    strategy:
      fail-fast: false
      matrix:
        config:
          - {os: windows-latest, r: '3.6'}
          - {os: macOS-latest, r: '3.6'}
          - {os: macOS-latest, r: 'devel'}
          - {os: ubuntu-16.04, r: '3.6', rspm: "https://demo.rstudiopm.com/all/__linux__/xenial/latest"}

    env:
      R_REMOTES_NO_ERRORS_FROM_WARNINGS: true
      RSPM: ${{ matrix.config.rspm }}

    steps:
      - uses: actions/checkout@v2

      - uses: r-lib/actions/setup-r@master
        with:
          r-version: ${{ matrix.config.r }}

      - uses: r-lib/actions/setup-pandoc@master

      - name: Query dependencies
        run: |
          install.packages('remotes')
          saveRDS(remotes::dev_package_deps(dependencies = TRUE), ".github/depends.Rds", version = 2)
        shell: Rscript {0}

      - name: Cache R packages
        if: runner.os != 'Windows'
        uses: actions/cache@v1
        with:
          path: ${{ env.R_LIBS_USER }}
          key: ${{ runner.os }}-r-${{ matrix.config.r }}-${{ hashFiles('.github/depends.Rds') }}
          restore-keys: ${{ runner.os }}-r-${{ matrix.config.r }}-

      - name: Install system dependencies
        if: runner.os == 'Linux'
        env:
          RHUB_PLATFORM: linux-x86_64-ubuntu-gcc
        run: |
          Rscript -e "remotes::install_github('r-hub/sysreqs')"
          sysreqs=$(Rscript -e "cat(sysreqs::sysreq_commands('DESCRIPTION'))")
          sudo -s eval "$sysreqs"
      - name: Install dependencies
        run: |
          remotes::install_deps(dependencies = TRUE)
          remotes::install_cran("rcmdcheck")
        shell: Rscript {0}

      - name: Check
        env:
          _R_CHECK_CRAN_INCOMING_REMOTE_: false
        run: rcmdcheck::rcmdcheck(args = c("--no-manual", "--as-cran"), error_on = "warning", check_dir = "check")
        shell: Rscript {0}

      - name: Upload check results
        if: failure()
        uses: actions/upload-artifact@master
        with:
          name: ${{ runner.os }}-r${{ matrix.config.r }}-results
          path: check

Как я могу решить это?

...