Существуют различные способы сделать это.
1- Назначить пользовательский класс элементу и применить стили. Например:
<navbar class="navbar-default navbar-trans">...</navbar>
<style>
.navbar-trans {background:transparent}
</style>
2 - переопределить CSS в пользовательском файле. пример:
.navbar-default{background:transparent}
Примечание: добавьте свой файл css после bootstrap CSS файла
3 - Измените стиль непосредственно в файле bootstrap CSS (не рекомендуется)