В документации git apply указано , что :
Если в патче есть какие-либо изменения в подмодулях, то применение git обрабатывает эти изменения следующим образом.
Если указано --index (явно или неявно), то фиксации подмодуля должны точно соответствовать индексу, чтобы патч был применен. Если какой-либо из подмодулей извлечен, то эти извлечения полностью игнорируются, т. Е. Они не обязаны быть обновленными или чистыми и не обновляются.
Если --index не является после этого, фиксации подмодуля в патче игнорируются, и проверяется и обновляется только отсутствие или присутствие соответствующего подкаталога.
Следовательно, если вы используете git apply с --index tag, я думаю, вы сможете применять патчи к подмодулям. Обязательно запустите git submodule summary, чтобы проверить, есть ли какие-либо различия между тем, что ожидает суперпроект и что на самом деле представляет собой подмодуль. Если есть, сделайте git submodule update и все готово!
Best.