Этот код должен копировать только одну видимую ячейку - например, ячейки (11,4). Однако он копирует все видимые ячейки на листе.
Workbooks(1).Sheets(1).Cells(11, 4).SpecialCells(xlCellTypeVisible).Copy
Вы могли бы сделать что-то вроде этого
Sub x() With Workbooks(1).Sheets(1).Cells(11, 4) If Not (.EntireRow.Hidden Or .EntireColumn.Hidden) Then .Copy End With End Sub