Когда вы запускаете обновление Cygwin, оно должно по умолчанию обновить все пакеты, которые были изменены, что должно предоставить вам последнюю версию библиотеки C. Много «надо», но у меня никогда не было проблем.
Однако это звучит как ошибка клиентской программы, работающей на удаленном хосте, а не на X-сервере (который работает под Cygwin). Я не уверен, как программа Cygwin могла бы сообщить об этом.
Пожалуйста, отредактируйте ваш вопрос, показывая реальную программу, которую вы запускаете, и точный текст любого сообщения об ошибке - скопированный из окна консоли или диалогового окна.