Если все, что вам нужно, это загрузить файлы в удаленный репозиторий (и удалить те, которые вы переместили),
Откройте локальный репозиторий с помощью терминала,
git pull
git add *
git commit -m "whatever you want to name this commit"
git push
и все будет в вашем удаленном хранилище.