У меня были проблемы с позиционированием именно моих графиков и рисунков при вязании в pdf-документе Markdown с R knitr.
Этот вопрос помог мне: https://community.rstudio.com/t/cant-control-position-of-tables-and-figures-in-knitted-pdf-document/37364, где ответчик использует текстовый файл, чтобы соответствовать латексным инструкциям по вязанию.