Использование двух кадров данных для ПЦР в R

Question

Я биолог, и я провел исследование биоразнообразия в нескольких местах. Более того, я измерил переменные среды на этих графиках. Обычно я анализирую эти данные в Canoco5, однако я также пытаюсь изучить R. Мои фреймы данных выглядят так:

          Arthopleidae Baetinae Cloeninae Caenidae etc.
Location_1           0        3        16        0
Location_2           0        0         0        5
Location_3           0        1        40        0
Etc.

И:

                    pH  Temperature Vegetation etc.
Location_1         8.22       28.06          0
Location_2         8.15       28.95         30
Location_3         8.29       28.75          0
Etc.

Я не могу найти пакет, подходящий для такого анализа. Что бы вы порекомендовали?

Заранее спасибо!

Answer 1

Взгляните на веганский пакет (доступен в CRAN или GitHub). Он имеет все методы ординации, доступные в Canoco5, и интегрирует их с другими пакетами R (например, zoo, tidy). Я бы посчитал vegan современной «вставной» заменой для Canoco, и в ней есть также несколько непараметрических c методов (например, non-metri c MDS).

Вот описание пакета.

Пакет vegan предоставляет инструменты для описательной экологии сообщества. Он имеет большинство основных c функций анализа разнообразия, организации сообществ и анализа различий. Большинство его многомерных инструментов можно использовать и для других типов данных.