git - это инструмент разработки ; Вы используете это во время разработки, но не развертывания. pip - инструмент развертывания; в процессе разработки вы используете его для установки необходимых библиотек; во время развертывания ваши пользователи используют его для установки вашего пакета с зависимостями.
Используйте субмодули, когда вам нужно что-то из удаленного репозитория в вашей среде development . Например, если указанный удаленный репозиторий содержит Makefile (s) или другие файлы, отличные от python, которые вам нужны и которые обычно не устанавливаются с pip.