Пакет Deseq2: DESeqDataSetFromHTSeqCount не найден - PullRequest
Новая
       19

Пакет Deseq2: DESeqDataSetFromHTSeqCount не найден

1 голос
/ 15 апреля 2020

Я установил DESeq 2 и выдает это сообщение об ошибке: 

Error: package or namespace load failed for ‘DESeq2’ in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]):
 there is no package called ‘Rcpp’

Затем я попытался установить R CPP, но выдает следующее сообщение об ошибке: 

1 error generated.
make: *** [api.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘Rcpp’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/library/Rcpp’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘Rcpp’ had non-zero exit status

Я обновил все, что мог, R и R studio, а также мою ма c, но ошибка не исчезла.

Поэтому, когда я пытаюсь запустить следующую функцию DESeq2, я не могу запустить ее, и она дает мне следующую ошибку, которая, я думаю, из-за отсутствия R cpp: 

 dds <- DESeqDataSetFromHTSeqCount(sampleTable = sampleTable,
+                                   directory = getwd(),
+                                   design= ~ replicate +  condition )
Error in DESeqDataSetFromHTSeqCount(sampleTable = sampleTable, directory = getwd(),  : 
  could not find function "DESeqDataSetFromHTSeqCount"

Любая помощь или решение о том, как решить эту проблему?

Спасибо большое !!

Алер ​​ie

...