Если вы сгенерировали заголовочный файл с помощью
configure_file(config.h.in config.h @ONLY)
и ваша цель библиотеки уже создана с помощью
add_library(libtarget ${SOURCE_FILES})
, это просто вызов
target_include_directories(libtarget PUBLIC ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR})
при условии, что все команды даны в этом порядке и находятся в одном файле CMakeLists.txt
.