Когда вы добавляете файл в индекс, Git сохраняет фактическое содержимое файла как объект в стандартном месте в хранилище и обновляет файл индекса, .git/index, чтобы содержать ссылку на него.
Этот дизайн делает фиксацию состояния индекса очень быстрой, потому что все объекты BLOB-объектов уже присутствуют. Git нужно только создать дерево и объекты фиксации, необходимые для фиксации.
Существуют команды для просмотра списка содержимого индекса, например, git ls-files -s, если вам это интересно.