Javascript не инициализируется для каждой строки, оно (и назначенные вами переменные) сохраняется в течение времени выполнения преобразования. На самом деле, вы можете иметь отдельные вкладки для начального, построчного и конечного сценариев.
Чтобы это работало, вам нужно установить reset primary_phone в начале скрипта или в предложении else:
else {
primary_phone = null;
}