Я недавно адаптировал свой .Rprofile и был озадачен, когда R Gui не загрузил новый .Rprofile (RStudio загрузил его), а вместо этого держался за старую версию. После некоторых проб и ошибок я выяснил, что причиной тому был .RData-файл в рабочем каталоге, и после удаления R Gui использовал новый .Rprofile.
Мне было интересно, почему это происходит поскольку я не знал, что .RData действительно сохраняет копию .Rprofile, которая доминировала над новым .Rprofile, хранящимся в рабочем каталоге. Запуск предполагает, что R сначала ищет .Rprofile, а затем загружает рабочее пространство пользователя из .RData.