AFAIK, если компиляция в компиляторе в режиме отладки не оптимизирует двоичные данные, что облегчает отладку. Это может привести к плохой производительности в случаях. Также компилятор добавляет дополнительные данные в сборки для отладчика.
Полагаю, вы говорите о веб-сайте ASP.Net и о dll, скомпилированном в режиме отладки или в режиме выпуска.