Вам необходимо экспортировать эти функции и импортировать их в другие файлы.
Вот сервер экспорта
. js
const express = require("express");
const app = express();
const rateLimit = require("express-rate-limit");
function rateLimiter(request, ms) {}
function startServer(port, dir) {}
module.exports = {rateLimiter, startServer}
А вот этот импорт
индекс. js
const express = require("server.js");
const {rateLimiter, startServer} = require('./server.js'); // your server.js file
var rate = rateLimiter(100, 60000);
var server = startServer(8080, src);