Что вам нужно сделать, это попросить сервер приложений предварительно скомпилировать все JSP. Каждый механизм сервлетов / JSP будет делать это по-своему (например, WebLogic против Tomcat), поэтому вы должны использовать компилятор JSP для сервера приложений, на котором вы собираетесь развернуть.
Обычно для этого можно найти задачи Ant. Я не думаю, что это работа для Eclipse, если вы не можете найти плагин для вашего сервера приложений.