Так что, похоже, проблема шла с разных сторон:
Во-первых, компилятор ocaml, используемый ocamlfind, не был правильным. Я понял это, посмотрев на /usr/local/etc/findlib.conf. Ocamlc указывал на ocamlopt.opt, и это была версия 3.10.
Затем мне пришлось перекомпилировать findlib. Но возникла проблема, потому что у меня 64 архитектуры, а некоторые элементы не были найдены, поэтому мне пришлось перенастроить findlib, модифицируя в основном -bindir и -sitelib.
Я также перекомпилировал систему ocaml с -cc "gcc -m64", но я не уверен, что это даст какой-либо эффект.
Теперь это работает, но я должен использовать -I, чтобы добавить каталог sqlite3.cma (/usr/lib64/ocaml/site-lib/sqlite3).
Не уверен, что это может кому-нибудь помочь, хотя: -).