Ничего себе, использование веб-браузера под mfc - это очень неприятно, вы можете сделать это, получив IInternetSecurityManager , и проверить, разрешено ли выполнение javascript по текущей политике, если пользователь выбрал отключение javascript на его IE вам нужно будет перезаписать значение в реестре.
HRESULT hr = CoCreateInstance(CLSID_InternetSecurityManager, NULL,
CLSCTX_INPROC_SERVER,IID_IInternetSecurityManager, (void**)&pSecurityMgr);
int policy = URLPOLICY_ALLOW;
hr = pSecurityMgr->ProcessUrlAction(L"http://www.google.com", URLACTION_SCRIPT_RUN,
(BYTE*)&policy, sizeof(policy), NULL, 0, PUAF_TRUSTED, 0);
если hr = S_FALSE, выполнение javascript отключено ...