Я обнаружил проблему при вычислении суммы строк и счетчиков ("> 0") в моем фрейме данных. Я пытаюсь суммировать строки, чтобы иметь изобилие и богатство данных сообщества "spe" (51 столбец (таксоны) и 82 строки (сайты)). Я понимаю это при двойной проверке сумм и чисел в R и Excel. Почему это происходит? Это код, который я использую в R:
Для суммы:
применяется (spe [, - 1], 1, сумма)
Для счета:
применяется (spe [, - 1) ]> 0,1, сумма)
И вот результаты, которые у меня есть: пи c результатов, которые я получил с R и Excel
Я имею заметил, что первые строки хорошо сочетаются с суммами и счетами, но затем результаты в R отличаются от вычитания чисел в суммах и только на 1 меньше в вопросе о счетах, и после некоторых строк есть некоторые хорошие с суммами и счетами, но не все они по сравнению с Excel. Почему это происходит? Может кто-то мне помочь, пожалуйста? Заранее спасибо.
spe<-data.frame(read.table("~/Dropbox/Docs Redro/Paper Tesis MBC/MBC_SPP_ALL.csv", sep=",", header=TRUE, row.names=1))
head(spe)
#> Duge Allua1 Ande Anom Atop1 Atop2 Bleph1 Bleph2 Bleph3 Caillo2 Caillo3
#> 2 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0
#> 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> Caillo1 Ceratoindet Cheli2 chiroindet Chiroinae Claudio Contu Corix2 Crambi
#> 2 2 0 1 0 0 0 0 0 0
#> 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 4 3 0 2 0 0 0 0 0 0
#> 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 8 6 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> Curcu1 Curcu2 Diame1 Diame2 Dimec Dytis1 Ephyd2 Geran Helicho Hemer1 Hyale
#> 2 0 0 1 0 0 0 0 0 0 2 0
#> 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 4 0 0 2 1 0 0 0 0 0 1 0
#> 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 8 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0
#> 9 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0
#> HYDRA Hydrosc Leech1 Leech2 Leech3 Leech4 Leuco Limoniindet Lumbri Lymnae
#> 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 4 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0
#> 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> Maya Molo1 Molo2 Morto Musci5 Musci6 Musci7 Musci4 Musci1 Musci2 Musci3 Naid1
#> 2 0 1 0 0 0 0 0 1 11 0 0 39
#> 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 4 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 32
#> 5 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0
#> 8 0 0 1 0 0 0 0 0 2 0 0 0
#> 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> Naid2 Naid3 Nectop Nema Neoel1 Neoel2 Neot Nepti Nona1 Ochro Ortho Ostra
#> 2 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 72 0
#> 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 4 0 0 0 4 0 1 0 0 0 0 85 0
#> 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0
#> 8 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 43 0
#> 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0
#> Podo1 Podo2 Podo3 Podo4 Priono1 Priono2 Priono3 Schoe Simu1 Sphae Staphy1
#> 2 24 0 4 1 0 0 0 0 124 0 1
#> 3 16 0 28 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 4 177 0 2 2 0 0 0 0 18 0 0
#> 5 13 0 71 1 0 0 0 0 0 0 0
#> 8 46 0 3 0 0 0 0 0 3 0 0
#> 9 49 0 20 14 0 0 0 0 0 0 1
#> Staphy2 Stilo1 Sync1 Tanyp Tipu Trichoco
#> 2 0 0 0 0 0 0
#> 3 0 0 0 0 0 0
#> 4 0 0 0 0 0 0
#> 5 0 0 0 0 0 0
#> 8 0 0 0 0 0 0
#> 9 0 0 0 0 0 0
# Spp Richness
apply(spe[,-1]>0,1,sum)
#> 2 3 4 5 8 9 1 7 37 38 47 24 46 43 45 50 40 42 14 49 51 29 30 31 33 6
#> 16 2 15 5 9 6 17 17 10 15 19 33 27 34 31 27 20 25 32 29 30 26 35 34 25 20
#> 41 26 27 34 35 10 15 16 17 18 19 20 21 22 25 28 32 36 48 13 12 11 23 39 44
#> 24 22 24 29 26 18 25 26 24 33 26 24 16 27 21 36 14 31 25 33 15 27 30 17 21
# Abundance
apply(spe[,-1],1,sum)
#> 2 3 4 5 8 9 1 7 37 38 47 24 46 43 45 50
#> 287 44 340 93 107 87 214 268 112 58 788 1554 1225 2683 990 2757
#> 40 42 14 49 51 29 30 31 33 6 41 26 27 34 35 10
#> 213 348 1508 1479 1459 1026 2961 2807 2586 760 629 2074 1254 2104 9976 531
#> 15 16 17 18 19 20 21 22 25 28 32 36 48 13 12 11
#> 1645 4161 1371 4132 1407 3807 4047 1619 4314 3057 232 3348 1457 1633 2240 2084
#> 23 39 44
#> 1734 553 2774
dput(head(spe))
#> structure(list(Duge = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Allua1 = c(0L,
#> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Ande = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Anom = c(0L,
#> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Atop1 = c(1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Atop2 = c(0L,
#> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Bleph1 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Bleph2 = c(0L,
#> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Bleph3 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Caillo2 = c(0L,
#> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Caillo3 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Caillo1 = c(2L,
#> 0L, 3L, 0L, 6L, 0L), Ceratoindet = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L),
#> Cheli2 = c(1L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L), chiroindet = c(0L, 0L,
#> 0L, 0L, 0L, 0L), Chiroinae = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Claudio = c(0L,
#> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Contu = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Corix2 = c(0L,
#> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Crambi = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L),
#> Curcu1 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Curcu2 = c(0L, 0L, 0L,
#> 0L, 0L, 0L), Diame1 = c(1L, 0L, 2L, 0L, 0L, 1L), Diame2 = c(0L,
#> 0L, 1L, 0L, 0L, 0L), Dimec = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Dytis1 = c(0L,
#> 0L, 0L, 0L, 1L, 0L), Ephyd2 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L),
#> Geran = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Helicho = c(0L, 0L, 0L,
#> 0L, 0L, 0L), Hemer1 = c(2L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L), Hyale = c(0L,
#> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), HYDRA = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Hydrosc = c(0L,
#> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Leech1 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L),
#> Leech2 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Leech3 = c(0L, 0L, 2L,
#> 0L, 0L, 0L), Leech4 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Leuco = c(0L,
#> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Limoniindet = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
#> 0L), Lumbri = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Lymnae = c(0L, 0L,
#> 0L, 0L, 0L, 0L), Maya = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Molo1 = c(1L,
#> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Molo2 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L), Morto = c(0L,
#> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Musci5 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L),
#> Musci6 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Musci7 = c(0L, 0L, 0L,
#> 0L, 0L, 0L), Musci4 = c(1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L), Musci1 = c(11L,
#> 0L, 8L, 0L, 2L, 0L), Musci2 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L),
#> Musci3 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Naid1 = c(39L, 0L, 32L,
#> 0L, 0L, 0L), Naid2 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Naid3 = c(0L,
#> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Nectop = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L),
#> Nema = c(2L, 0L, 4L, 0L, 2L, 0L), Neoel1 = c(0L, 0L, 0L,
#> 0L, 0L, 0L), Neoel2 = c(0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L), Neot = c(0L,
#> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Nepti = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Nona1 = c(0L,
#> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Ochro = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Ortho = c(72L,
#> 0L, 85L, 7L, 43L, 2L), Ostra = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L),
#> Podo1 = c(24L, 16L, 177L, 13L, 46L, 49L), Podo2 = c(0L, 0L,
#> 0L, 0L, 0L, 0L), Podo3 = c(4L, 28L, 2L, 71L, 3L, 20L), Podo4 = c(1L,
#> 0L, 2L, 1L, 0L, 14L), Priono1 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L),
#> Priono2 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Priono3 = c(0L, 0L,
#> 0L, 0L, 0L, 0L), Schoe = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Simu1 = c(124L,
#> 0L, 18L, 0L, 3L, 0L), Sphae = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L),
#> Staphy1 = c(1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L), Staphy2 = c(0L, 0L,
#> 0L, 0L, 0L, 0L), Stilo1 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Sync1 = c(0L,
#> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Tanyp = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Tipu = c(0L,
#> 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Trichoco = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L)), row.names = c(2L,
#> 3L, 4L, 5L, 8L, 9L), class = "data.frame")
Создано в 2020-03-24 с помощью пакета Представить (v0.3.0)