Проблемы воспроизводимости с Rmarkdown и Renv - PullRequest
Новая
       85

Проблемы воспроизводимости с Rmarkdown и Renv

1 голос
/ 15 апреля 2020

Недавно я заметил, что один и тот же документ уценки R генерирует разные графики при работе в разных условиях (например, в разных проектах). В качестве игрушечного примера рассмотрим следующий документ: 

---
title: "Example"
output:
  html_document
---

```{r plot, warning=FALSE, echo=FALSE}
library("tidyverse")
tibble(mu = c(-9.4, -9.3, -9.2, -9, -8.9, -8.8, -8.7, -8.5, -8.4, -8.3, 0),
       N = c(1, 2, 1, 1, 1, 3, 1, 1, 1, 1, 3)) %>%
  ggplot() +
  geom_point(aes(x=mu, y=N)) + 
  geom_bar(aes(x=mu, y=N), stat="identity", fill="grey", colour="black", width=0.1) +
  theme(panel.background=element_blank(),
        axis.title=element_text(size=20),
        axis.text=element_text(size=15))
```

Он должен создать сюжет, подобный следующему, и иногда я добиваюсь успеха и получаю его:

enter image description here

Однако в другой раз я получаю эту альтернативную версию, которая является бессмысленной:

enter image description here

Я заметил, что после загружая пакет tidyverse, некоторые версии отличаются. Например, в первом ggplot - 3.2.1, а в последнем - 3.3.0. Позже он имеет другой номер версии, потому что он поддерживается отдельно в проекте R с использованием Renv.

Хорошо, это могут быть разные номера версий? Даже учитывая эти разные версии, как я знал этот пакет из длинного go, мне трудно понять, как мог быть создан второй график, учитывая этот код в любой версии ggplot. Любые подсказки о том, что может быть причиной этой проблемы, если не номера версий?

1 Ответ

4 голосов
/ 15 апреля 2020

Проблема в том, что он иногда угадывает одну ориентацию, иногда другую. (У вашего плохого графика есть горизонтальные столбцы.) Вы можете использовать вертикальные столбцы, используя orientation = "x" в вызове geom_bar.

Я бы назвал это ошибкой, которая, кажется, выбирает ориентацию недетерминированно (но посмотрите комментарий ниже). Я видел то же самое в моей системе. Я использовал только ggplot2 версия 3.3.0; единственной разницей была история того, какой код я запускал раньше.

РЕДАКТИРОВАНИЕ ДОБАВЛЕНО: После гораздо большего тестирования я не могу воспроизвести невоспроизводимость :-). ggplot2 имеет несколько сложных правил для угадывания ориентации; они нестабильны в отношении крошечных изменений данных, но кажутся стабильными с фиксированными данными. Полагаю, я случайно изменил характер набора данных, не осознавая этого.

...