Нажмите на раскрывающийся треугольник в верхнем правом углу навигатора и выберите «Фильтры ..».
По умолчанию Eclipse предлагает только « .class» и «. ».
Если вы выберете ". *", Вы скроете файлы .svn. Очевидно, что все остальные файлы .something также будут скрыты.