Функция timeit()
запускает код много раз (по умолчанию один миллион) и занимает среднее время.
Чтобы запустить код только один раз, сделайте следующее:
t.timeit(1)
но это даст вам искаженные результаты - это повторяется не зря.
Чтобы получить время на цикл, повторяя его, разделите результат на количество циклов. Используйте меньшее значение для числа повторений, если миллион слишком много:
count = 1000
print t.timeit(count) / count