У меня та же проблема, что и отмеченная здесь , но каталог ${HOME}/.<IDE>/ не существует, потому что я установил PhpStorm на свою ма c с помощью JetBrains Toolbox (рендеринг существующего ответа вопрос ОП недействителен).
Каждый раз, когда PhpStorm обновляется до новой версии, все мои настройки исчезают, поэтому я сначала попытался синхронизировать c со своей учетной записью JetBrains, но это не сработало. Затем я попытался создать репозиторий настроек, и PhpStorm вносил изменения настроек в репозиторий, но вот, как только PhpStorm обновился сам, все мои настройки пропали, и теперь я тоже получаю эту ошибку Failed to Sync Settings: Commit on repo without HEAD currently not supported при попытке вытащить свои настройки из удаленного репозитория.
Не уверен, является ли это актуальным или нет, но я выбрал Bitbucket в качестве хоста для своего (частного) репозитория настроек.