Это потому, что вы присоединяете строку к ','
, если удаляете, с вами все будет в порядке:
list_smaller = [i for i in ''.join(list_big).split('=') if i]
Попытайтесь разделить ваш список в следующий раз, чтобы вы могли видеть, что происходит:
list_big = ['90', '=', 'C', '44', '=']
joined_list_big = ','.join(list_big).split('=')
joined_list_big
['90,', ',C,44,', '']
Здесь видно, что это не то, что вы хотели