Вы имеете в виду массовое обновление HQL? Попробуйте это
UPDATE myEntity e SET e.myProperty = null WHERE ...
Вы также можете использовать параметризованную версию выше
UPDATE myEntity e SET e.myProperty = :param WHERE ...
В вашем коде:
int updatedEntities = session.createQuery(updateQueryHQL)
.setString( "param", myValue ) // or .setString( "param", null )
.executeUpdate();
Подробнее см. документация .
Если вы не выполняете массовых обновлений, просто установите для свойства значение NULL и сохраните сущность в обычном режиме.