Обходного пути для этого в BFG нет, вам придется явно указать все папки, которые вы хотите удалить из истории.
Пример - java -jar ../BFG_Repo-Cleaner/bfg-1.13.0.jar --delete-folders "{Folder1,Folder2,Folder3}" YourApp.git
ПРИМЕЧАНИЕ. Убедитесь, что у вас разные имена для разных папок, так как BFG не заботится о пути, он удалит папки со связанным именем.
- delete-folder удаляет папки с указанными именами (например, ' .svn ',' * -tmp '- соответствует имени папки, а не пути в репо)