Передача --host=i686-linux-gnu заставит autoconf искать и использовать i686-linux-gnu-gcc, et c. а не gcc. Ожидается, что это будет перекрестный набор инструментов, который создает 32-разрядные двоичные файлы. Если вы не хотите использовать кросс-цепочку инструментов, а просто -m32, вам просто нужно передать CC="gcc -m32" (и CXX="g++ -m32", если программа использует C ++) для настройки.