Проблема связана с удалением JAXB api, так как он считался частью JAVA EE API, поэтому удалил форму JDK начиная с Java 9 (подробности см. в этом вопросе).
Вы можете решить вашу проблему, добавив jaxb-api jar к вашему classpath:
java -classpath "jooq-3.12.3.jar;jooq-meta-3.12.3.jar;jooq-codegen-3.12.3.jar;reactive-streams-1.0.2.jar;mysql-connector-java-5.0.7.jar;jaxb-api-2.3.1.jar" org.jooq.codegen.GenerationTool library.xml
Обратите внимание, что мне также пришлось добавить реактивные потоки- 1.0.2 баночка к пути к классу (как упоминается в учебнике).
И замените банку с драйвером MySQL на свою банку в команде, которую я вставил. Таким образом, последняя команда в вашем случае будет:
java -classpath "jooq-3.12.3.jar;jooq-meta-3.12.3.jar;jooq-codegen-3.12.3.jar;reactive-streams-1.0.2.jar;mysql-connector-java-5.1.18-bin.jar;jaxb-api-2.3.1.jar" org.jooq.codegen.GenerationTool library.xml