Я попробовал этот код работать как чудо на Windows CE 6.
this.Close();
Process.Start(Assembly.GetExecutingAssembly().GetName().CodeBase, "");
Трудно найти простой способ перезапустить приложение в Windows CE в Интернете, поэтому я публикую то, что нашел. Надеюсь, это поможет кому-то сэкономить время.