In Cordova, Ioni c и большинство других сред разработки гибридных мобильных приложений не имеют большинства плагинов для взаимодействия с библиотекой, необходимых для взаимодействия с нативными конструкциями устройства. Msal. js предназначен для поддержки потоков аутентификации только для одностраничных приложений и JS в веб-приложениях.
Для поддержки ASP. NET аутентификации приложений смотрите в Msal. Net. Вы также можете перейти на Xamarin , если вы действительно хотите использовать MSAL. Вы можете перенести свое приложение HTML из cordova, удалить все плагины и ссылки на кордову и использовать Hybrid Webview в Xamarin для достижения того же результата.