К сожалению, восстановление Elasticsearch из резервной копии файловой системы не является надежным способом восстановления ваших данных и, как ожидается, иногда приводит к сбою. Вы должны всегда использовать снимок и восстанавливать вместо этого. Ваша версия довольно старая, но более поздние версии включают это предупреждение в документы (что также относится к вашей версии):
ПРЕДУПРЕЖДЕНИЕ : вы не можете создайте резервную копию кластера Elasticsearch, просто скопировав каталоги данных всех его узлов. Elasticsearch может вносить изменения в содержимое своих каталогов данных во время работы; нельзя ожидать, что копирование каталогов данных позволит получить непротиворечивую картину их содержимого. Если вы попытаетесь восстановить кластер из такой резервной копии, он может дать сбой и сообщить о повреждении и / или отсутствующих файлах. С другой стороны, он может показаться успешным, хотя он молча потерял некоторые из своих данных. Единственный надежный способ создания резервной копии кластера - использование функции моментальных снимков и восстановления.
Возможно, что при восстановлении молча были потеряны данные и в других шардах, и сказать это невозможно. Предполагая, что у вас также нет снимка данных, хранящихся в потерянных осколках, единственный способ восстановить их - это переиндексировать их из источника.