Тысяча строк вряд ли что-нибудь. Я уверен, что даже SQL Server может обрабатывать миллионы.
Но если вы хотите продолжить, вы можете использовать следующий код псевдо.
INSERT INTO SecondTable
SELECT id, A, B, C
FROM CurrentTable
INSERT INTO ThirdTable
SELECT id, D, E
FROM CurrentTable
Этот код предполагает, что ваши 2-я и 3-я таблицы пусты. Если это не так, и вам нужно сопоставить идентификаторы (скажем), не составит труда расширить вышеуказанный код для обработки этого случая.