Я не очень понимаю. Если вы запускаете "ffmpeg" в вашей командной консоли (через ssh или что-то еще), это работает, но ваш PHP-код (я думаю, это PHP) сообщает, что его там нет?
Убедитесь, что в вашем php.ini включено расширение ffmpeg.
В качестве альтернативы: Do phpinfo (); в PHP и проверьте вывод для ffmpeg. Если его там нет, вам наверняка нужно включить расширение.
Если ffmpeg отображается в выходных данных phpinfo (), то похоже, что extension_loaded () содержит ошибку. В этом случае вы можете попробовать проверить возвращенный массив get_loaded_extensions ().