Так работают штрихи в API 2d canvas. Временное решение: сделать многоугольник меньше на половину размера штриха:
const strokeWidth = 5;
const halfStroke = strokeWidth / 2;
const poly1 = new Konva.Line({
points: [
10 + halfStroke,
10 + halfStroke,
10 + halfStroke,
50 - halfStroke,
50 - halfStroke,
50 - halfStroke,
50 - halfStroke,
10 + halfStroke
],
fill: "#00D2FF",
stroke: "black",
strokeWidth: 5,
closed: true
});
Демонстрация: https://codesandbox.io/s/konva-stroke-9okr6