Если вы студент, желающий иметь профессию Java, это может помочь вам научиться делать вещи из командной строки, например редактировать файлы, компилировать классы, тестировать и создавать проект. В руководствах Oracle приведен пример по этому вопросу: https://docs.oracle.com/javase/tutorial/getStarted/cupojava/win32.html#win32 -2
Однако я настоятельно рекомендую вам принять IDE, поскольку ваша карьера Java будет в основном проживать в IDE как Реальные проекты БОЛЬШИЕ! Есть множество полезных вещей, которые IDE делает с вами из коробки или для упрощения вещей. Поскольку вы студент, я дам вам один базовый c пример помимо компиляции: класс с 10 полями требует некоторой типизации для getts, setters, hashCode, equals. Альтернатива? Несколько нажатий клавиш, чтобы дать команду IDE сгенерировать их для вас. И это один из базовых c примеров.
Что касается структуры проекта, охватывающей (так как вы упомянули) структуру проекта Maven src/main/{java,resources}, src/test/{java,resources}, даже если вы НЕ используете Maven. Это позволит вам забыть об организации файлов вокруг.
Если вы спрашивали о структурировании классов в правильных пакетах, вы сами поймете, как набираетесь опыта. Основное правило - группировать классы по их функциональности. Кроме того, если пакеты организованы правильно, если вы что-то изменили и коснулись нескольких классов, в идеале вы бы хотели, чтобы измененные классы были расположены в одном пакете, если это возможно.
Обучение Maven - хороший выбор, так как это мощный инструмент для построения проекта и поддержания порядка (структура проекта, зависимости проекта и т. д. c.).