В netbeans вы можете указать, чтобы файлы проекта netbeans помещались в отдельный каталог, или вы можете легко игнорировать каталог nbproject с помощью vcs вашего проекта. Netbeans обладает лучшей интегрированной отладкой, которую я когда-либо видел, и есть много других веских причин, чтобы попробовать его. Не беспокойтесь о сетевых компонентах, использующих папку проекта. Я очень сомневаюсь, что вы сможете найти лучший бесплатный отладчик графического интерфейса.
Если с netbeans вам мешают дополнения кода, их легко отключить и запрашивать завершение кода только тогда, когда вы этого хотите (ctrl + пробел). Это была моя самая большая проблема с netbeans.