На Windows невозможно переименовать файл, который используется, за некоторыми исключениями. Это отличается от Unix систем, где это возможно, и программы с открытым старым файлом видят старое содержимое после переименования, а недавно запущенные программы видят новое содержимое.
В результате Git для Windows подскажет вам, когда он попытается выполнить переименование, и файл используется. Затем вы можете закрыть любую программу, использующую файл, и повторить попытку.
В этом случае у вас, скорее всего, есть какая-то программа, которая может быть другим процессом Git или редактором, у которого файл открыт. Вы должны закрыть его, а затем ответить y, чтобы повторить попытку. Поиск этой программы может быть нетривиальным, и вместо этого будет проще перезагрузить компьютер.