первый вопрос здесь!
Я новичок с R и выравниванием последовательностей в целом.
Я пытаюсь выполнить выравнивание нескольких последовательностей на R (R'studio) с помощью пакета MSA (выравнивание нескольких последовательностей). Я использовал пакет seqinr для загрузки моего файла fasta в R. Он содержит только две последовательности примерно одинакового размера - шаблон и запрос. Однако я сталкиваюсь с ошибкой, которая не описана в руководстве пользователя.
Это то, что я набрал в терминале
> query<-"file name"$"sequence within the file"
> template<-"file name"$"sequence within the file"
> msaClustalOmega(query,template)
, и это результат
"Ошибка в checkInputSeq (inputSeqs): параметр inputSeq недействителен! Возможные входные данные: <символ>, или файл."
Имена файлов и последовательности в файлах сделать «всплывающее» в качестве вариантов для выбора, чтобы R распознал, что они существуют. Я не уверен, что происходит, и это все еще очень рано в процессе MSA.
Любая помощь будет отличной, спасибо!