Да, это должно работать нормально.
Независимо от того, что представляет собой сторонняя оболочка данных, внешние таблицы ведут себя так же, как обычные PostgreSQL таблицы (по крайней мере, когда вы читаете из них), поэтому Npg sql даже не заметит разницы.