Вот немного Python, который, кажется, делает свое дело:
>>> import re
>>> p = re.compile('["][^"]*["]|[^,]*')
>>> x = """1001,"Fitzsimmons, Des Marteau, Beale and Nunn",109,"George","COD","Standard",,109,8/14/1998 8:50:02"""
>>> y = p.findall(x)
>>> ','.join(z.replace(',','|') for z in y if z)
'1001,"Fitzsimmons| Des Marteau| Beale and Nunn",109,"George","COD","Standard",109,8/14/1998 8:50:02'
Похоже, этот код превращается в код вопроса о гольфе: -)
Упс ... пропустил тег Java.