Мы регулярно используем как Netbeans, так и Eclipse. Мы без проблем переключаемся между Vista, WinXP и несколькими версиями Fedora 32- и 64-разрядных версий. Хранение файлов проекта в системе управления версиями значительно упрощает синхронизацию. Мы даже храним файлы запуска в каталоге проекта. Я опубликовал ответ на еще один вопрос с несколькими IDE , в котором описывается, как выглядит каталог нашего проекта.
По сути, я согласен с Биллом Ящерицей в том, что проблем нет, но не согласен с тем, что файлы проекта разделены. Единственное, что нам нужно сделать, это убедиться, что мы обновляем путь к классу сборки в каждом проекте, если добавляется новая библиотека, потому что Netbeans и Eclipse используют разные файлы для описания пути к классам.
Использование интегрированных систем управления версиями IDE помогает поддерживать актуальность проектов для всех остальных.