Если вы используете Wix и xmlns: iis = "http://schemas.microsoft.com/wix/IIsExtension" определено в вашем элементе Wix, это должно работать:
<iis:WebApplicationExtension Extension="mvc" CheckPath="yes" Script="yes"
Executable="[NETFRAMEWORKROOT]v2.0.50727\aspnet_isapi.dll"
Verbs="GET,HEAD,POST,DEBUG" />
Обратите внимание на свойство [NETFRAMEWORKROOT], я бы не стал полагаться на C: \ WINDOWS.
FWIW, мы помещаем это в элемент iis: WebApplication элемента iis: WebVirtualDir.