Я нашел причину и решение. Это странная проблема с Realurl. В моей установке существует более одной записи realurl-path для каждой страницы. Иногда они имеют языковые параметры L = ... вместо / en / - я не знаю, почему это иногда происходит. Когда одна из этих записей находится на первом месте в списке записей пути, она появляется в каноническом теге a в окне предварительного просмотра на панели seo.
Решение состоит в том, чтобы удалить эти неправильные записи в реальной панели URL.