В Flask у вас есть g (прочитайте об этом, и вы узнаете), что можно использовать для установки глобальной переменной. Но это основано на запросах. При каждом запросе g будет сбрасываться. Определяемая пользователем глобальная переменная токена также будет делать то же самое.
Так что если вы хотите что-то глобальное между запросами, тогда одно решение (хотя я не эксперт и не знаю, элегантно это или нет, может быть лучше элегантными решениями) это использовать переменную сессии. Поэтому, если вы сохраните в сеансе dict, он будет доступен в течение всего сеанса независимо от того, сколько запросов отправляется из ваших шаблонов.
Надеюсь, это решит вашу проблему.